Sông Ba Lai chảy trọn trong địa phận tỉnh Bến Tre, có chiều dài 55 km, là ranh giới tự nhiên giữa huyện Bình Đại với Giồng Trôm và Ba Tri, chảy từ ranh giới các xã Tân Phú và Phú Đức, huyện Châu Thành ra đến biển, cửa Ba Lai. Xưa kia, sông sâu và rộng, nhưng từ những thập kỷ đầu thế kỷ XX, do phù sa sông Cửu Long bồi lấy ngày một nhiều ở phía cồn Dơi (vàm Ba Lai, xã Phú Đức) nên dòng sông cạn dần, và ngày nay, đoạn trên của sông Ba Lai tách hẳn ra khỏi sông Mỹ Tho. Từ xã Phú Đức đến xã An Hóa (dài 17 km) dòng sông cạn và hẹp. Từ kênh An Hóa đi về phía biển, lòng sông được mở rộng từ 200 – 300 m, độ sâu từ 3 – 5 m. Nước từ sông Mỹ Tho qua kênh An Hóa, chảy mạnh vào sông Ba Lai làm hạn chế quá trình lắng đọng phù sa của đoạn sông này. Lúc kênh mới đào, chiều rộng chưa đầy 30 m, nhưng do dòng nước chảy xiết nên sông bị xói mòn nhanh và rộng dần ra cả trăm mét. Do nước chảy mạnh, dưới đáy sông lại có những cồn ngầm, cho nên vào mùa gió chướng thổi mạnh, mặt sông thường có sóng lớn, nước xoáy, gây nguy hiểm cho thuyền bè đi lại. Trên sông có các cồn như cồn Dơi, cồn Qui, cồn Bà Tam, cồn Thùng.[2]